Issu d'un concept diaboliquement efficace, la série de jeux Pokémon arrive pour la première fois sur GBA dans une traditionnelle double version (Rubis ou Saphir). La chasse aux Pokémon se déroule cette fois-ci dans le monde de Hoenn, et démarre lorsque le héros emménage à Bourg-en-Vol, sympathique bourgade haute en couleur.

Attaqué misérablement par un Medhyèna sauvage dans son propre laboratoire, le professeur Seko est en bien mauvaise posture. Heureusement, vous êtes là pour lui venir en aide en vous servant d'un des trois Pokémon contenus dans la sacoche du professeur (Poussifeu, Arcko ou Gobou). Tout s'enchaîne rapidement avec la récupération du Pokédex qui dispose d'ailleurs de nouvelles fonctionnalités, puis des premières PokéBall et du PokéNav. Dès lors, vous êtes libre de partir à l'aventure en quête des huit badges et d'une victoire éventuelle contre le puissant Conseil 4. En chemin, il vous faudra défier de nombreux autres dresseurs, mais surtout capturer et faire évoluer 200 Pokémon. Si l'on retrouve quelques têtes connues, la plupart sont inédits et l'on découvre de nouveaux Pokémon légendaires propres à chacune des versions : Groudon pour la version Rubis et Kyogre pour la version Saphir. Les principales différences distinguant les deux versions sont les quelques Pokémon spécifiques, et le fait que la ligue qui revient de façon récurrente n'est pas la même. Dans la version Rubis, c'est la ligue Magma qui souhaite augmenter la masse terrestre sur Hoenn, tandis que dans la version Saphir c'est la ligue Aqua qui projette d'augmenter le niveau de la mer au profit des Pokémon eau.