Dans Rune Factory 2 : A Fantasy Harvest Moon, vous incarnez un jeune garçon qui a perdu la mémoire et qui se trouve recueilli par Mist, une fermière qui lui offre le gîte et le couvert contre son aide pour les travaux agricoles. Le héros développe ses capacités dans la capture et l'élevage d'animaux. Mais cette vie ne semble guère lui convenir. Et si sa destinée était ailleurs ?