Le Dr. Wily est tenace et n'a certainement pas dit son dernier mot. Il projette de libérer un prototype d'internet placé sous le signe du mal. Pour cela, il doit mettre la main sur des codes d'accès. Lan et son double Rockman comptent bien l'en empêcher en parcourant le code réseau et en combattant les virus qui s'y trouvent. Battle Network Rockman EXE 3 black sur GBA est sorti en 2 éditions : celle ci et la version sans le "Black" dans le titre. Les quêtes annexes et les pouvoirs varient légèrement d'une version à l'autre.