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Après les évènements de Battle Network Rockman EXE et de Rockman EXE Transmission, la vie a repris son cours habituel pour Lan Hikari et ses camarades. Mais les vacances d'été ont à peine commencées que les cybercrimes reprennent de plus belle. En effet, en l'absence du WWW, une nouvelle organisation criminelle, Gospel, a pris le relais. Lan et Rockman.EXE doivent dès lors reprendre du service et aller grossir les rangs des Netbattlers (combattants sur Internet) pour empêcher la Netmafia de prendre le contrôle du Net.