A.C.E. 2 ne constitue pas une suite directe de son prédécesseur. Le jeu propose une intrigue propre à son histoire, tout en relatant quelque peu différemment les événements qui se sont déjà produits à l’issue du premier épisode. Un cas qui n’est pas exclu chez Banpresto, puisque l’éditeur en a fait sa marque de fabrique avec sa franchise des Super Robots Wars. La plupart des titres de cette série ne sont pas relié dans la continuité au niveau scénaristique (l'exception est faite pour la saga des Super Robots Wars Alpha et celle des Classic Timeline).