Dr. Eggman a en quelque sorte volé presque toutes les couleurs (et la musique) de South Island, et de Sonic lui-même! Il appartient maintenant à Sonic de les retrouver et de les remettre à l'endroit où ils appartiennent afin de restaurer l'île.

La mission de Sonic est de trouver les différents moniteurs de couleur cachés dans chaque étape. Une fois trouver, les différentes couleurs et musiques de la région vont commencer à être restauré sur la zone de jeu et il pourra alors procéder à l'acte suivant. Collecter chaque moniteur de couleur dans un acte permettra également pour Sonic d'accéder aux épreuves spéciales pour recueillir les 6 Chaos Emeralds. Il est dit que les Chaos Emeralds accorde le pouvoir de restaurer toutes les couleurs d'un acte à la fois.


Lors du démarrage du jeu, vous pouvez choisir parmi un ou deux modes de jeu:

Aventure:
Chaque zone comprend une étape dans lequel Sonic doit passer l'Actes 1 et 3 afin de continuer jusqu'à la zone suivante. Chaque Hub affiche l'état d'achèvement de chaque acte.

Classique:
Jouez à travers chaque acte dans un ordre linéaire comme dans Sonic the Hedgehog.


Les différents moniteurs pour les couleurs:
- C' (3x): Rend les couleurs normales au stage. Chaque stage comprend trois de ces moniteurs.
- 'Sonic': Restaure les couleurs de Sonic et offre une vie supplémentaire.
- «Lunettes»: Rend toutes les couleurs sous-marines à la normale, y compris Sonic. Labyrinth Zone et Scrap Brain Act 3 seulement.
- 'Musique': Rend la musique de fond à la normale.
- «Cycle»: Rend toutes la cycling palettes (comme par exemple les chutes d'eau de Green Hill) à la normale. Il y en a pas à Marble Zone.

Remarque: trouver un seul de ces moniteurs est nécessaire pour pouvoir compléter un acte.