Space Harrier sur PC est un rail shooter en pseudo 3D, se découpant en 18 niveaux, au cours desquels le joueur dirige Harrier, un personnage qui peut courir, tirer et voler grâce à un fusil spécial, et qui doit surtout éviter les très nombreux tirs ennemis et les obstacles (arbres, rochers...). La fréquence des tirs du joueur peut être très élevée, et pour vaincre les ennemis les plus puissants celui-ci devra marteler rapidement le bouton de tir.
Le dernier niveau est un boss rush, dans lequel le joueur affronte de nouveau tous les boss, à la suite, rencontrés précédemment à la fin de chaque niveau. Les niveaux 5 et 12 sont des niveaux bonus, dans lesquels le joueur grimpe sur le dos du dragon Uriah, et doit détruire des obstacles pour améliorer son score.