Dans la peau d'un humain changé en pokémon, vous devrez jouer les bons samaritains dans cet univers coloré où toutes sortes de missions de secours vous sont confiées. Votre nature sera établie au départ au moyen d'un petit questionnaire visant à définir la bestiole qui correspond le mieux à votre personnalité. Une étape qui sera suivie par la sélection de votre tout premier compagnon parmi les suivants : Bulbizarre, Carapuce, Salamèche, Pikachu, Germignon, Héricendre, Kaiminus, Arcko, Poussifeu et Gobou.

Vous devrez alors explorer les quatre coins du monde en luttant contre les espèces sauvages mystérieusement hostiles qui infestent les donjons, afin d'élucider ce qui se trame dans le monde merveilleux des pokémons. Il vous faudra nécessairement recruter un maximum d'alliés que vous hébergerez dans des zones d'accueil correspondant à leur habitat naturel. Bien entendu, tous ces pokémons ont leurs propres capacités d'action et aptitudes spéciales. Pour chacun d'eux, il vous faudra définir une tactique, sachant que vous ne contrôlez directement que le pokémon de départ. Il va de soi que les statistiques des membres de votre équipe évolueront, tel le nombre de HP, ou les niveaux d'attaque et de défense. De nouvelles capacités pourront également être acquises proportionnellement aux gains d'expérience. Le scénario fait intervenir plus de 380 créatures différentes, dont les pokémons légendaires, mais n'en introduit pas d'inédits.