A la différence du premier épisode, cet opus s'intéresse à ce qui s'est déroulé juste après la fin de Suikoden II. La république de Dunan est désormais en paix, mais Nash Lakjte, mercenaire du royaume d'Harmonia, repart sur les routes en quête de nouvelles aventures. De fil en aiguille, il va retrouver une vieille connaissance en la personne de Lena, son amie chevalier d'Harmonia. Elle lui demande de l'aider à se débarrasser de Zaj.
Ce dernier est un espion et un assassin, mais c'est surtout le beau-frère de Nash, qui a en secret empoisonné ses parents et menace désormais de tuer sa sœur Julie.

Genso Suikogaiden volume 2 conserve absolument tous les principes de son aîné, et se présente donc comme un digico (digital comics). Il s'agit de jeux exclusivement basés sur du texte (agrémenté d'images tout de même, histoire de paraître moins austère), où vous progressez en fonction de vos réponses.