La nouvelle production de Namco pour la Gameboy Advance nous entraîne dans un monde féerique aux côtés de Klonoa, un animal ressemblant étrangement à un chat ailé. Un jour, notre ami est surpris en train de rêver. Malheur ! Cette pratique est strictement interdite dans le pays de Klonoa ! Vous êtes donc conduit devant le sévère gouverneur Jillius pour être puni. Cependant, le dirigeant vous propose un marché. Il ne vous châtiera pas si en échange vous débarrassez le monde des quatre monstres qui y sèment la terreur. La tâche sera certainement difficile, mais ça vaut tout de même le coup d'essayer !

Dans chacun des niveaux, vous devrez ramasser un certain nombre d'étoiles pour ouvrir la porte de sortie. Bien sûr de nombreux ennemis seront présents pour vous rendre la tâche plus difficile. Pour les détruire vous pourrez les attraper et vous en servir comme projectile. Vous pourrez aussi utiliser les méchants que vous avez ramassés comme propulseur pour sauter plus haut et atteindre les endroits élevés. Cette technique de saut est un composant important du jeu puisque vous devrez vous en servir tout au long de l'aventure pour espérer en voir la fin. Les niveaux sont de plus en plus ardus et certains mettront vos méninges à rude épreuve.