Il y a 18 ans, la planète Nebula fut attaquée par le système de l'Etoile Solitaire, ennemi de la Fédération Interplanétaire. Sa population fut décimée et seuls quelques survivants jurèrent de protéger son futur de leur vie. Ce temps est arrivé.
Thunder Force II et un shoot'em up mélangeant des niveaux au scrolling multidirectionnel : une vue de dessus où l'on doit détruire les bases (empruntée a son prédécesseur, une rareté sortie uniquement sur des PC japonais) et une plus classiques vue de côté. Les Thunder Force suivant ne proposeront d'ailleurs plus que cette dernière perspective. Le système d'armement rappelle celui d'un Gradius. Vous commencez avec 2 armes, un tir classique et un double tir (devant et derrière), et en ramassant les power-up vous gagnez de nouvelles armes entrant dans l'une des 6 catégories. Vous pouvez à tout moment basculer d'un type d'arme à un autre.