Sous les ordres du belliqueux nounours Hugolin, récemment autoproclamé Toy Commander, les jouets de Guthy se sont rebellés contre leur jeune propriétaire. Toy Commander plonge le joueur dans sa plus tendre enfance, celle des petites autos, des avions en plastique et des bouts de carton faisant office de route.

Partant de là, il va falloir effectuer une cinquantaine de missions dans toute la maison, et se jouer des pièges tendus par vos nombreux ennemis. Chaque pièce correspond à une campagne, elle-même déclinée en huit missions, dont quatre au moins doivent être réussies pour passer à la campagne suivante, sans oublier les Boss. Les missions vous feront côtoyer les accessoires et éléments classiques d'une maison : faire cuire des oeufs, mettre des sucres dans un bol, couler un sous-marin, ou encore éteindre un incendie avec un Canadair. Les nombreux véhicules contrôlés sont également très variés : tank, avion, hélicoptère, etc.