Dans un mode futuriste où cohabitent les humains et les robots, le premier ministre, Messala, autorise la mise en marche d'un nouveau type de robot. Celui-ci possède le circuit J, mais ils ne savent pas encore de quoi il est capable. De son côté, Geppetto a créé un robot en forme de petit garçon appelé Pino, mais il se fait arrêter sans véritable raison juste avant d'achever son robot. Il a tout juste le temps de le confier à la fée Tinker, qui lui apporte l'expérience nécessaire à l'activation de ses 7 circuits principaux et lui permet ainsi de débuter son aventure.

Wonder Project J est un remake de Pinocchio. Vous contrôlez la petite fée Tinker, en charge du robot Pino. Elle doit lui apprendre à interagir avec les objets et les personnes en le félicitant ou en le grondant en fonction de ses actes. Pino doit apprendre à se comporter correctement afin que les humains et les robots puissent trouver la paix sur l'île.