Dans un futur proche, deux méga corporations se disputent la planète à coups de milliards. La première, la General Resource, contrôle tout l'appareil militaro-industriel tandis que la seconde, Neucom, a la main mise sur les télécommunications et les technologies de pointe. Alors que les deux sociétés s'étaient jusqu'à maintenant contentées de se livrer une bataille économique, le champ de bataille devient vite réel. Le conflit devenant armé, l'UPEO est chargé de rétablir la paix et de contrecarrer les différentes attaques. En tant que jeune recrue de l'UPEO, cette lourde tâche sera vôtre.

Ace Combat 3 va donc se dérouler un peu comme son prédécesseur : une campagne générale composée de nombreuses missions se succédant inlassablement. Avant chaque combat, un briefing vous explique succinctement vos objectifs à l'aide d'une carte en 3D. Différents types de missions vous seront alors proposés : duels à haute altitude, attaques au sol, rase-mottes, bombardements, ravitaillement en vol, etc. Parmi 16 appareils disponibles au total, vous devrez sélectionner celui qui convient le mieux à la mission selon des critères de blindage, de maniabilité et de vitesse. Les différences de pilotage entre les appareils sont vraiment sensibles. Ensuite, il ne vous reste plus qu'à choisir votre arme principale et votre arme secondaire. Une belle ribambelle de missiles et de mitrailleuses, de quoi faire de jolis trous dans les blindages ennemis.