Dans un Japon féodal, à une époque où des seigneurs avides de pouvoir ne cessent de se livrer bataille, un homme se démarque des autres puissants. Le seigneur Matsunoshin Godha souhaite en effet plus que tout autre le bonheur de son peuple. Et pour le seconder dans sa noble quête, qui ne manquera pourtant pas de faire couler le sang de nombreux opposants à la paix, deux ninjas d'exception ont prêté serment de le servir jusqu'à la mort. C'est ainsi que vous serez emmené à accomplir divers missions en incarnant au choix le shinobi Rikimaru ou la kunoichi Ayame.

Au cœur des territoires ennemis, il s'agira avant tout de vous faufiler en évitant très précautionneusement de vous faire remarquer. Car si Tenchu est loin d'être le premier jeu à mettre en scène des ninjas, il est certainement l'un des premiers à insister réellement sur l'extrême discrétion de ces assassins de l'ombre. Cependant, même si Riki et Aya évitent la confrontation, leur équipement seul suffit à prouver qu'ils ne comptent pas uniquement jouer les voyeurs. Ainsi, en approchant furtivement l'ennemi, il est possible et recommandé de lui infliger un coup mortel, le Stealth Kill. Si vous êtes repéré, il vous faudra en revanche engager un duel contre un adversaire plutôt habile, et qui ne manquera pas une occasion d'appeler des renforts. Enfin, quelques écarts à l'infiltration sont imposés très occasionnellement lors d'affrontements contre les Boss.