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Suite à sa première mésaventure, la belle Aya Brea est maintenant un agent du MIST (Mitochondrion Investigation and Supression Team) chasseur de NMC (Neo Mitochondrion Creature). Cette branche secrète du FBI lui commande bien évidemment d'œuvrer dans l'ombre, sous le couvert du gouvernement, un peu à la manière des Men in Black, Will Smith en moins. L'alliance des genres est toujours aussi surprenante qu'efficace, le tout appuyé par un scénario complexe et fouillé né de l'imagination du romancier japonais Hideaki Sena.
Depuis le premier épisode, Aya possède des pouvoirs surnaturels qu'elle doit à la présence de mitochondries saines dans son organisme. Loin de n'être qu'une suite de combats, l'ensemble du jeu repose sur un scénario relativement élaboré, avec de nombreux personnages énigmatiques à rencontrer et interroger. Tous les protagonistes ont une véritable influence sur le jeu et leurs caractères ont été travaillés dans le but de vous impliquer encore plus dans l'histoire.