La légende raconte qu'il y a longtemps, "le héros du temps", vêtu d'une tunique verte, protégea Hyrule des assauts d'une force maléfique, puis se retira sur son destrier vers une destination inconnue. Alors que le royaume aspirait à la paix, une menace plus grande encore se fit jour, brisant le sceau du héros pour semer le chaos. Malgré les supplications des sujets, le héros du temps, porté disparu, ne revint jamais sauver le royaume. Aujourd'hui, personne ne sait ce qu'il est advenu d'Hyrule, et la topographie du monde, un vaste océan aux limites floues et inexplorées, laisse penser que ce continent n'a jamais existé. C'est dans ce macrocosme que vit Link, un jeune garçon un peu fainéant qui aspire à vivre des jours heureux sous le soleil de l'île de l'Aurore.
Rarement un jeu aura été aussi sujet à controverses. Allumé de toutes parts, fustigé pour délit de sale gueule, le titre de Nintendo aura connu une gestation difficile, entre les fans de la première heure qui criaient à la trahison et les esprits moins enflammés qui toléraient, sans toujours partager, le choix des créateurs. En rejetant un design réaliste qui aurait donné lieu à une aventure plus adulte mais éloignée de l'esprit d'origine, Shigeru Miyamoto a pris le contre-pied des attentes et n'a pas donné suite à la démo technologique, alors impressionnante, présentée au SpaceWorld 2000. Mais au final, l'impression que laisse The Wind Waker est flamboyante, et prouve s'il était besoin qu'il faut toujours faire confiance aux développeurs talentueux, même si leurs choix peuvent surprendre.