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Après un long développement des technologies de vol intergalactique, les hommes peuvent enfin explorer l'univers. Au 41ème siècle, des technologies plus avancées comme le moteur de téléportation et surtout le passage intergalactique permettent au nouvel empire Terre d'engager une colonisation plus agressive de la galaxie. Deux siècles plus tard, le pillage systématique des ressources des colonies pour subvenir aux besoins exponentiels du système Sol finit par provoquer l'émergence d'une insurrection : la Ligue des Mondes Libres est née.
Colony Wars fut l'un des premiers jeux du genre à incorporer un scénario complexe organisé en arbre. C'est pour cela qu'une défaite n'est pas éliminatoire mais altère plutôt le parcours du joueur. Une accumulation trop importante d'échecs entraîne toutefois la défaite complète de la Ligue, ou une fin peu glorieuse parmi les cinq conclusions alternatives possibles. Les missions débutent toutes par un briefing vidéo résumant la situation militaire avant d'énoncer l'objectif. Il est également possible d'obtenir des informations détaillées sur les systèmes stellaires explorés. Tout au long du jeu, les vaisseaux contrôlés dépendent du profil potentiel de la mission (escorte, assaut, soutien...). Parfois, l'analyse se révèle finalement erronée en cours de mission, et vous serez alors mis en difficulté à cause d'un vaisseau inadapté. C'est cet environnement vivant qui immerge le joueur dans Colony Wars.