L'histoire de ce nouvel épisode se déroule au Japon. Nos quatre amis : Goemon, Sasuke, Ebismaru et Yae se retrouvent plongés dans une folle course poursuite pour retrouver Soeur Bismaru qui s'est emparé de la machine à faire revivre les fantômes du professeur Wiseman. Oui, je sais, c'est compliqué mais les mangas, c'est toujours comme ça.
Cette quête vous emmènera à travers 36 niveaux au sein desquels il vous faudra résoudre des énigmes, trouver des objets cachés, etc. C'est pour cela que MN2 se détache de ses congénères : l'aspect "aventure à coup de dialogues et d'énigmes" est très présent. Mieux, certains lieux comme les villages ne servent qu'à s'équiper, trouver de nouvelles quêtes et résoudre des énigmes. Ajoutez à cela l'humour particulier de nos amis japonais et vous aurez un aperçu de MN2. L'univers manga se retrouve dans chaque tirade et on a souvent l'impression de regarder un dessin animé. Konami nous offre un monde décalé où technologie et moyen-âge japonais s'entremêlent.