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Il y a un millier d'années, suite à une guerre avec le Dieu corrompu connu sous le nom de Shinnok, Raiden était tenu comme responsable de la mort d'une civilisation entière. Pour éviter que cela se reproduise à nouveau, ainsi que pour protéger tous les royaumes contre la menace de Shinnok, Raiden a fait une campagne brutale et, au prix de lourds sacrifices, a exilé son rival dans un sombre endroit connu sous le nom de Netherealm. Quelques années avant le tournoi de 1992, Sub-Zero a aidé le nécromancien Quan Chi à obtenir l'amulette de Shinnok, la source de puissance de ce dernier. Peu de temps après, Quan Chi s'est allié à Shinnok et a aidé le dieu à s'échapper de ses confins. Avec l'aide d'un traître d'Edenian, ils entrèrent dans les cieux et tuèrent la plupart des dieux, mais Fujin et Raiden s'échappèrent et recueillirent les meilleurs guerriers du Royaume de la Terre pour les combattre.
C'est le premier Mortal Kombat à avoir des personnages entièrement générés par ordinateur, bien que les textures aient été prises de la plupart des acteurs des jeux précédents et que les animations aient été produites par l'intermédiaire de la technique de la capture de mouvement. Le jeu comporte pas moins de 19 personnages jouables et introduit dans la série un système d'arme limitée ainsi qu'un système de dégâts maximum au système de combos, interrompant automatiquement ces derniers lorsque les dégâts sont trop importants, empêchant de ce fait les combos infinis. Les arènes sont en 3D mais le gameplay se rapproche d'un gameplay 2D.