Dogi est un ami de longue date d'Adol. Celui-ci souhaite retourner à Redmont, sa ville natale, après avoir entendu d'étranges rumeurs sur cette dernière. Toujours à la recherche d'aventure, Adol se joint à lui et découvre rapidement la cause de ce nouveau fléau.
Ys III s'éloigne du système de combat classique des deux premiers opus. Adol peut contrôler son épée dans une variété de directions et sauter comme bon lui semble. En plus de la modification du système de combat, le jeu est maintenant doté d'une vue en scrolling horizontal à la place de la précédente vue de haut. En revanche, l'utilisation d'anneaux magiques est toujours d'actualité. Ces derniers offrent à Adol la possibilité d'acquérir de puissants sortilèges, tels que la guérison et le renforcement d'armure. Pour finir, plusieurs objets clé sont disséminés un peu partout tout au long de votre progression, vous permettant de résoudre de petits puzzles et d'avancer dans l'histoire.