Une race d'extraterrestres depuis longtemps disparue, les Phalanx, vient de se rappeler au bon souvenir de l'humanité par une attaque d'une grande brutalité. Les Phalanx ont l'intention de s'emparer de la Terre, quitte à se débarrasser de tous ses habitants au préalable. Néanmoins, mis au courant de la présence des X-Men sur la planète bleue, les Phalanx ont pris la précaution de capturer et de cloner certains de leurs plus féroces ennemis, afin de les garder occupés jusqu'à ce que la conquête soit parachevée. 5 X-Men rescapés vont tenter une fois de plus d'empêcher que l'inévitable ne se produise, en investissant les bases terrestres des Phalanx et en éliminant les uns après les autres les clones ennemis.
On retrouve la même équipe que dans le premier épisode, à savoir Wolverine, Cyclops, Gambit et Diablo, mais ils sont cette fois secondés par Psylocke et Beast. Sega a réussi ici un tour de force, à la fois technique et ludique, puisqu'on se trouve face à un jeu bien torché, présentant des héros charismatiques, une grande fidélité aux comics, et une progression aussi agréable que bien conçue. Le gameplay est très équilibré et varie, suivant les stages, entre l'action pure, un minimum de recherche (avec des terminaux à détruire pour actionner l'ouverture de sas par exemple), des séquences de plates-formes et des combats d'anthologie contre les boss.