Le gameplay reste similaire aux précédents épisodes, depuis que Shion a renoncé à courir tout nu dans la savane en balançant des hachettes pour devenir un chevalier chasseur de dragons. Chaque fois que l'on tue un adversaire, il laisse échapper un nombre aléatoire de pièces d'or. Avec ces pièces d'or, on peut acheter de l'équipement de plus en plus puissant (armes, bottes, armures, boucliers et potions diverses) dans les villages que l'on traverse. On trouve également certaines pièces d'équipement dans des coffres dispersés dans les différentes régions de Monster World. Shion pourra utiliser des pouvoirs magiques et bénéficiera également de la présence d'alliés à certains moments de son aventure : la petite fée Priscilla, un gnome qui n'a pas son pareil pour déterrer des pièces d'or, un bébé dragon et un étrange chat volant équipé d'une faux. Wonder Boy se déroule dans des environnements assez variés. Seront ainsi à explorer un temple aztèque, le labyrinthe de Poséidon, une pyramide, un palais de glace, un volcan et enfin, un sombre château perché dans les nuages. Chacun de ces environnements comprend son propre bestiaire et un boss assez coriace à vaincre.