L'histoire se déroule en l'an 2112, où la technologie de pointe est omniprésente, et où la politique connait de grandes turbulences. Le monde est organisé en différentes puissances politiques : l'USN, l'OCU, l'EC, l'OAC, la République populaire de Da Han Zhong et finalement la République de Zaftra.

Le joueur incarne Kazuki Takamera, pilote d'essais de mecha pour le compte de la société Kirishima Industries qui les livre à la JDF (Japan Defense Force).

Tout va pour le mieux pour lui, jusqu'au jour où, lors d'une livraison, accompagné de Ryogo Kusama - un ami sincère mais parfois embêtant - des bâtiments de la Japan Defense Force sont détruits par des alliances militaires. Une nouvelle arme de destruction massive appelée MIDAS est par la suite découverte. Les deux grandes sociétés militaires, l'USN et l'OCU, veulent à tout prix s'en emparer, et la crise interplanétaire est définitivement lancée.

Le jeu comprend deux scénarios, l'un se jouant avec l'USN et Emma, l'autre avec la sœur adoptive de Kazuki, Alisa. Excepté Kazuki et Ryogo, chaque scénario a six personnages jouables différents.