Atlantide, le jeu, reprend bien évidemment la trame du long métrage. On suit donc l'histoire de Milo, un jeune homme rêvant de découvrir le continent perdu de l'Atlantide. Par le plus grand des hasards, Milo parvient à mettre la main sur un ancien texte écrit dans un langage étrange qu'il parvient, on ne sait trop comment, à déchiffrer. A sa grande surprise, ce manuscrit donne des indications pour retrouver la légendaire cité de l'Atlantide. Sans perdre de temps, une expédition est alors montée dans le but de localiser et d'explorer la cité engloutie sous les flots.