L'héroïne de la série, Samus Aran, voyage jusqu'à la planète natale des Metroids, SR388, afin de les éradiquer, sur ordre de la Fédération Galactique.

À la différence des autres jeux Metroid, il n'y a aucun Boss. Seulement des mini boss, qui sont les Alpha, Gamma, Zeta et Omega Metroid qui se trouvent dans tous les niveaux. A la fin du jeu, Samus rentre dans le nid des Metroids où se trouve la Reine Metroid. Mais à la différence de la plupart des jeu Metroid, où après avoir détruit le boss final, il y a une séquence d' auto-destruction, ce jeu n'a pas cette fin. Quand la reine est détruite, Samus rencontre une larve de Metroid et la porte vers son vaisseau afin que la Fédération Galactique l'étudie.

Metroid II : Return of Samus

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