D'un niveau à l'autre, le jeu alterne entre un scrolling horizontal classique et un scrolling vertical plus original, utilisant le Mode 7 de la console. La grande particularité d'Axelay est son système d'armement. Ici, pas de power-up mais de nouvelles armes disponibles à chaque fin de niveau. Celles-ci sont particulièrement variées et originales. Les Boss sont par ailleurs très impressionnants et occupent la plupart du temps la quasi totalité de l'écran.