Le jeu prend place dans un futur anarchique en l'an 2097, où l'économie mondiale a été dévastée, les gouvernements se sont effondrés, et le crime organisé a gagné une influence dramatique.
Dans X-Kaliber 2097, le joueur guide un épéiste appelé Slash à travers un environnement en scrolling horizontal dans un style rétro-futuriste Cyberpunk. Les combats contre les boss prennent la forme d'affrontement de type versus.